本发明提供一种罗汉果产业废弃物资源化利用的方法，其包括如下步骤：前处理，纤维素酶、木瓜蛋白酶混合酶解，超滤，强酸性阳离子交换树脂层析，冷冻干燥，制得罗汉果蛋白粉。本发明根据罗汉果生产废液呈现酸性的特点，直接采用酸性的纤维素酶、木瓜蛋白酶处理废液，可操作性强，适宜于工业化生产，同时提升了酶解得效率，不仅实现了变废为宝，将罗汉果资源综合利用，创造可观的经济效益，还解决了环境污染的问题；同时，本发明方法工艺过程成本低，从罗汉果废液生产罗汉果蛋白，可以广泛应用于保健品行业、医药行业，变废为宝，使废液资源化，提高了罗汉果的附加值。