细菌是代谢工程中的主要宿主，基因组编辑是细菌工程改造的主要途径，而现有的针对细菌的基因组编辑方法都需要过表达外源的同源重组系统或非同源末端连接系统。本发明公开了一种基于细菌內源同源重组系统的基因组编辑方法。本发明所提供的基因组编辑方法是按照包括以下步骤进行：构建一个双质粒基因组编辑系统，通过转化将该系统导入待编辑的菌株。将含有基因组编辑系统的菌株在液体培养基中培养使其进行繁殖，待细胞数目足够时加入诱导剂诱导CRISPR/Cas9系统表达，随后发生DNA双链切割和修复，实现基因组编辑。本发明先通过细胞繁殖增加细胞的数量和活性再启动基因组编辑，显著提高了基因组编辑效率，并成功在大肠杆菌中实现了基因敲除和大片段删除。