本发明属于医药领域，具体涉及两性霉素B肽衍生物及其制备方法。本发明两性霉素B肽衍生物以R2‑AEEAc‑OH为原料，采用固相合成的方式，合成R2‑(AEEAc)n‑OH系列化合物，然后通过酰胺键与两性霉素B进行偶联，最后脱除氨基保护基，再经过纯化获得。相比两性霉素B，本发明化合物具有溶解性高，毒性低的特点，抗菌效果良好。