一种连续合成苯并噁嗪利福霉素的方法，该方法包括如下步骤：1)将利福霉素S溶于有机溶剂中，经过滤后得到利福霉素S的均相溶液；2)将二羟甲基叔丁胺溶于有机溶剂中，充分混合，得到二羟甲基叔丁胺的均相溶液；3)将步骤1)和2)得到的两种均相溶液连续地泵入微反应器内混合，混合物料在微反应器的第二反应器内反应，得到产物苯并噁嗪利福霉素；4)对样品进行后处理，利用高效液相色谱法外标定量分析样品中苯并噁嗪利福霉素的含量。本发明方法利用微反应器高效传质传热特性，在优化反应参数下，将反应时间缩短至30分钟，产品收率95％以上。