本发明提供一种Toll样受体配体蛋白在抗细菌感染中的应用。本发明的肺炎链球菌肽链内切酶O(PepO)为Toll样受体2及Toll样受体4的配体，可显著增强巨噬细胞对病原菌的吞噬及杀伤作用，并可上调相关细胞因子与趋化因子的分泌，从而诱导强烈的固有免疫反应，增强呼吸道对病原菌感染的抵抗力。