本发明公开了一种用于水体杀菌和净化的双功能材料及其制备方法和应用。所述材料为13X分子筛晶粒内包嵌超细银纳米粒子的结构，银纳米粒子的尺寸为1～2nm。所述的方法包括下述步骤：制备有机配体保护的银离子溶液；制备13X分子筛凝胶；将制备的银离子溶液逐滴加入到分子筛凝胶中；对混合液进行水热晶化后去除有机配体即得。该材料中的13X分子筛骨架不仅可以有效地保护金属银纳米粒子，提高其稳定性，而且在保证银的高效杀菌效果的前提下可以大大降低金属银的用量。同时，13X分子筛对水中内毒素等杂质具有非常好的吸附性能，可以和银纳米粒子的消毒性能协同配合，从而使得该材料同时具备水体杀菌和净化的双重功能，保证了细菌被杀死后释放出的内毒素不在水中残留，大大提高了水质的安全性，且该材料合成简便、原料廉价易得，金属银的使用量极低，可望大规模推广使用。