本发明公开了一种纳米替硝唑碳点及其制备方法和应用，属于医药技术领域，包括以下步骤：配置浓度为0.1～0.3mol/L的替硝唑溶液，将替硝唑溶液在180～250℃温度下进行水热反应制得产物粗品，产物粗品经过孔径为0.22μm的膜过滤、截留分子量为800Da的透析袋透析、干燥，制得纳米替硝唑碳点；本发明以替硝唑为前药，通过水热条件将替硝唑药物制备成碳点药物，所得到的替硝唑基碳点药物具有小的纳米尺寸和替硝唑的抑菌功能，同时对专性厌氧菌具有选择性抗菌活性，甚至可以穿透细菌生物膜实现深层杀菌，从而可以最大化药物的效果。