本发明提供了包含有稀有人参皂苷准单体化合物Rg5/Rk1(包含Rg5以及同分异构体Rk1)和稀有人参皂苷准单体化合物Rh3/Rk2(包含Rh3以及同分异构体Rk2)的制备方法，相比现有的制备稀有人参皂苷的方法，此制备方法简单、成本较低，同时在此基础上，本发明还提供了制备稀有人参皂苷单体化合物Rg5、Rk1和稀有人参皂苷单体化合物Rh3、Rk2的方法；此方法通过简单的柱层析分离技术，可以低成本、高效率和大规模地分离制备稀有人参皂苷准单体化合物Rg5/Rk1及其单体成分和稀有人参皂苷准单体化合物Rh3/Rk2及其单体成分。